ความวุ่นวายที่เกิดขึ้นกับพวกของลูฟี่ในครั้งนี้ มีต้นเหตุจากการที่ อดีตพลเอกของกองทัพเรืออย่าง เซ็ตโต้ กับลูกน้องได้ตัดสินใจขโมย "หินไดน่า" ที่เชื่อกันว่ามีอานุภาพสามารถทำลายรุนแรงเทียบเทียมกับ อาวุธโบราณ (ที่ถือว่าเป็นอาวุธต้องห้ามในโลกของวันพีซ) และเมื่อ เซ็ตโต้ ชิงหินไดน่าไปได้สำเร็จ เขาก็ได้ก่อตั้งกลุ่ม "นีโอ กองทัพเรือ" ที่มีเป้าหมายในการทำลายล้างกลุ่มโจรสลัดให้สิ้นซาก
ระหว่างนั้นพวกของ ลูฟี่ และ กลุ่มโจรสลัดหมวกฟาง ที่เพิ่งเริ่มต้นออกเดินทางใน "นิวเวิล์ด" ก็ได้บังเอิญได้ช่วยเหลือ เซ็ตโต้ ที่ได้รับบาดเจ็บ แต่เมื่อ เซ็ตโต้ ได้ทราบว่าพวกลูฟี่เป็นกลุ่มโจรสลัด เขาก็ทำการทำลายเรือของกลุ่มโจรสลัดหมวกฟาง และลูกน้องของ เซ็ตโต้ อย่าง ไอน์ และ บินซ์ ก็มาทำร้ายสมาชิกคนอื่นของกลุ่มโจรสลัดหมวกฟางด้วย
การโจมตีของ เซ็ตโต้ ทำให้ ลูฟี่ กับ เพื่อนๆ ต้องเข้าไปหาข้อมูลและพักรักษาตัวที่เกาะเซคัน ที่ขึ้นชื่อเรื่องบ่อน้ำพุร้อน พวกของลูฟี่ได้รู้ว่า เป้าหมายของ เซ็ตโต้ และ กลุ่มนีโอกองทัพเรือ คือการนำเอา หินไคโร ไปทำลาย "จุดเอ็นด์พอยท์" สามจุด เพื่อให้แมกม่าที่อยู่ใต้พื้นผิวทะลักขึ้นมาจนทำให้น้ำทะเลบนพื้นโลกนั้นระเหยไปจนหมด ซึ่งเซ็ตโต้เห็นว่าหนทางนี้ก็คือหนทางกำจัดโจรสลัดที่อยู่บนโลกให้สิ้นซาก
เมื่อได้ทราบเรื่องทั้งหมดแล้ว ลูฟี่ กับ เพื่อนๆ ในกลุ่มโจรสลัดหมวกฟางที่ต้องการจะตัดสินผลแพ้ชนะกับ เซ็ตโต้ รวมถึงต้องการที่จะสานฝันของตัวเองที่จะเป็น "ราชาโจรสลัด" ก็ออกเดินไปทางต่อสู้ชี้ขาดในศึกที่จะรักษายุคแห่งโจรสลัดและท้องทะเลทั้งปวงไว้!